一、仪器核心性能参数（硬件指标）

• 质量范围：m/z 50～6000（常规），最高可达 8000（扩展）Thermo Fisher Scientific

• 分辨率（@m/z 200，FWHM）

• Q Exactive：70,000

• Q Exactive Plus：140,000（BioPharma 选件 280,000）Thermo Fisher Scientific

• Q Exactive HF：240,000

• Q Exactive HF-X：240,000

• 质量准确度

• 内标：<1 ppm RMS

• 外标：<3 ppm RMSThermo Fisher Scientific

• 扫描速率：最高12 Hz（QE/Plus）、40 Hz（HF-X）

• 动态范围：>5000:1

• 极性切换：<1 秒（完整正 / 负循环）

二、离子源参数（HESI‑II 电喷雾）

正离子模式（+）推荐

• 喷雾电压（Spray Voltage）：3.5～4.0 kV

• 毛细管温度（Capillary Temp）：320～350 ℃

• 离子源温度（Vaporizer Temp）：300～400 ℃

• 鞘气（Sheath Gas）：30～50 arb

• 辅助气（Aux Gas）：10～20 arb

• 吹扫气（Sweep Gas）：0～3 arb（防污染）

负离子模式（–）推荐

• 喷雾电压：–2.5～–3.5 kV，其余同正离子

三、扫描模式与关键采集参数

1. Full MS（一级全扫描，定性 / 定量基础）

• 分辨率：70,000（常规）、140,000（高精度）Thermo Fisher Scientific

• 扫描范围：m/z 100～1500（小分子）、350～1800（蛋白）

• AGC Target（自动增益控制）：1×10⁶Thermo Fisher Scientific

• Max IT（最大注入时间）：50～200 msThermo Fisher Scientific

2. MS/MS（二级碎裂，DDA/PRM）

• 分辨率：17,500（常规）、35,000（高分辨）Thermo Fisher Scientific

• 隔离窗口（Isolation Window）：1.0～2.0 m/z（常用 1.4）

• 碰撞模式：HCD（高能碰撞解离）

• 归一化碰撞能量（NCE）：20～35%（小分子 25%，蛋白 27%）

• AGC Target：5×10⁴～1×10⁵Thermo Fisher Scientific

• Max IT：50～100 msThermo Fisher Scientific

3. DDA（数据依赖扫描，蛋白组常用）

• Loop Count（Top N）：10～20（每轮循环选母离子数）

• 动态排除（Dynamic Exclusion）：15～30 s（避免重复碎裂）

• 强度阈值（Intensity Threshold）：1×10⁴

4. SIM（选择离子监测，高灵敏定量）

• 分辨率：35,000～70,000

• AGC Target：2×10⁵

• Max IT：50～100 msThermo Fisher Scientific

5. PRM（平行反应监测，靶向定量）

• 分辨率：17,500

• 隔离窗口：1.0～1.5 m/z

• AGC Target：1×10⁵Thermo Fisher Scientific

四、分辨率–Max IT 对应表（关键匹配）

五、常用方法参数模板（小分子 DDA）

• 离子源：HESI，正离子，3.8 kV，350 ℃，鞘气 40，辅助气 15

• Full MS：70,000，m/z 100–1500，AGC 1e6，Max IT 100 ms

• MS/MS：17,500，隔离窗口 1.4 m/z，HCD 25%，AGC 5e4，Max IT 50 ms

• DDA：Top 10，动态排除 15 s，强度阈值 1e4